A divisão em capitanias hereditárias não respeitou a forma de organização dos povos indígenas. Além disso, muito índios foram expulsos das suas terras, que passaram a ser ocupados por colonos portugueses.

                Outra mudança no modo de vida dos indígenas foi à criação de aldeamentos onde eram reunidos indígenas de povos diferentes. Nesses aldeamentos havia padres católicos que pretendiam ensinar indígenas as crenças cristãs e mudar seus costumes, como o de andar nu.

                Os povos indígenas reagiram de diferentes formas ás mudanças impostas pelos colonos e pelos padres. Alguns povos indígenas resistiram á presença dos colonos e padres atacados as vilas e cidades criadas por eles. Esses povos continuaram lutando para viver em suas terras e manter seus costumes.

                Outros povos também permaneceram em suas terras e mantiveram seus costumes. Porém, eles se aliaram aos colonos portugueses e os apoiaram na luta contra outros povos indígenas ou europeus.